Il gruppo acido viene protetto trasformandolo in un estere per reazione con un alcol. Gli esteri metilici, etilici o terz-butilici vengono preparati mediante esterificazione e idrolizzati (deprotetti) in un mezzo basico.


Protezione dell'alanina con tert-butanolo in ambiente acido.
 
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La deprotezione può essere eseguita con idrolisi acida o basica dell'estere.
 
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Un altro gruppo protettore molto interessante è l'alcool benzilico. Quando reagisce con l'acido forma un estere che può essere scisso mediante idrogenazione con H2 /Pd. Se il gruppo amminico è protetto con CBZ-Cl e l'acido con alcol benzilico, entrambi possono essere deprotetti contemporaneamente mediante idrogenazione.
 
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Deprotezione per idrogenazione del legame CO
 
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